Entre las muchas civilizaciones que han pasado por estos territorios se encuentra la de Tartessos, con las dinastías míticas de Gerión y Gárgoris o el fecundo y largo reinado de Argantonio (650-550 a.C.). La colonización romana dejó claros vestigios en la finca “Los Bojeos”, cercana al Tinto, en la que aparecieron restos de una villa romana perteneciente posiblemente al s. I de la era cristiana; en las cercanías del cementerio también han sido descubiertos restos de mosaicos y en la finca El Alcornocal se han hallado restos de una necrópolis romana.
Además pasaron por Bonares los visigodos (s. V), que construyeron asentamientos castrenses, como demuestra el descubrimiento de restos pertenecientes a ajuares. La localidad debió funcionar como una humilde alquería musulmana dependiente de Niebla hasta la conquista cristiana de la misma por Alfonso X “El Sabio” (S. XIII), etapa en la que Bonares, tras la concesión en 1369 de su término y aldeas a Juan Alonso de Guzmán, vincula su devenir al recién constituido Condado de Niebla. Juan Alonso estaba casado con una sobrina de Enrique II llamada Juana de Castilla, y su título fue el primero detentado en Andalucía por una persona que no era de estirpe regia, y el más duradero sin duda.
El Condado de Niebla aparece sembrado de aldeas, cuyo volumen y número aumentó en el S. XV. La compra de Almonte, a mediados del S. XV, por los Condes de Niebla significa el triunfo de sus aspiraciones de unir el Condado con Sánlucar de Barrameda (Medina Sidonia) a través de una ruta en la que después surgiría el Santuario de El Rocío. El resultado de la profunda religiosidad de la España del Antiguo Régimen, es la erección de numerosos edificios religiosos tales como iglesias, capillas y ermitas.
Las Cortes de Cádiz, por decreto de 1813, suprimen los señoríos jurisdiccionales y otros aspectos político-jurídicos del Antiguo Régimen, quedando los municipios con plena autonomía. La vuelta de Fernando VII instaura de nuevo los privilegios señoriales, por lo que no se adquiere de nuevo la autonomía hasta la Constitución de 1836.
El pueblo se autoabastecía de cereales, frutas y verduras, pero su producción anual de aceite era insuficiente y tenía que importar de los pueblos de la comarca. Sin embargo, en los siglos XVI-XVIII la producción de vino se asemejó a la de Bollullos Par del Condado, Rociana del Condado, San Juan del Puerto y Trigueros. En cuanto a la propiedad de la tierra, la mayoría eran pequeñas propiedades, siendo escasos los propietarios hacendados o terratenientes.
Bonares destacó por la producción de cal y carbón, muy cotizados para la construcción, las cocinas familiares y los hornos de fundición. Se exportaba a las provincias de Huelva, Cádiz y Sevilla (Fábrica de Monedas) tanto por vía terrestre como marítima (a través del embarcadero de la Ruiza del Tinto).
Estos fundamentos económicos se prolongan hasta bien entrado el siglo XIX, hasta que la crisis de la filoxera francesa crea un vacío en el mercado mundial de vino. Las tierras de Bonares se ven afectadas por una intensa transformación cuyo producto estrella es la vid. En principio, el monocultivo trajo aires de modernidad porque, al ser un cultivo social, movilizó a toda la fuerza laboral e hizo circular grandes cantidades de capital. Sin embargo, este crecimiento pronto tocó su techo e inició una línea descendente al no poder competir con los recuperados viñedos franceses y jerezanos. La población experimenta con intensidad los cambios de la nueva orientación productiva, hasta el punto de que, finalizada la crisis filoxérica, se insiste en la recuperación del viñedo en un intento de resucitar una edad de oro que nunca volverá. La falta de norte en las estrategias productivas creó un estado de atonía demográfica que persiste durante todo el siglo XX; sólo recientemente una vigorosa economía social basada en iniciativas sociales y la apuesta por una agricultura de vanguardia abre las puertas a un futuro esperanzador.
